生态战舰是一种独特的战斗单位，由强大魂兽的遗骸改造而成，融合了魂兽生前的能力与科技力量。这类战舰不仅保留了魂兽的部分特性，还能通过特殊技术激活其战斗潜能，成为战场上极具威慑力的存在。生态战舰的强度与魂兽生前的实力直接相关，通常需要达到十万年以上修为的顶级魂兽才能满足改造条件。
深海魔鲸王是生态战舰改造的优质选择之一，其生前修为接近百万年，体型庞大如岛屿，改造后的战舰具备极强的海洋作战能力与破坏力。金眼黑龙王帝天的遗骸所制生态战舰更是超越行星级航母的存在，拥有空间穿梭与超光速特性，其龙族威压能对敌方造成精神震慑。这类顶级魂兽改造的战舰往往需要配合唐门尖端科技，通过特殊工艺唤醒其细胞活性。
九大龙王的遗骸同样适合改造为生态战舰群，它们生前作为龙神直系血脉，单体实力均达半步神王层次。改造后的龙王战舰能释放元素吐息，组合出击时可形成联合攻击矩阵。邪眼暴君主宰虽非龙系魂兽，但其八十万年精神力修为使其改造后的战舰能发射死神之光，对敌方舰载系统造成瘫痪效果。这类特殊魂兽战舰需要配备精神力增幅装置才能完全发挥战力。
翠魔鸟作为特殊案例，其生态战舰体型较小但机动性极强，擅长穿刺攻击与高速侦察。银甲大鹏战舰则具备优秀的空战性能，双翼可展开能量屏障。改造过程中需注意保留魂兽的核心能力，如翠魔鸟的嗜血特性需要通过生物稳定器控制，避免战舰暴走。生态战舰的操控者通常需要与魂兽残存意识共鸣，这对驾驶者的精神力有较高要求。
魂兽改造生态战舰存在伦理争议，游戏设定中部分角色对此持保留态度。实际操作需遵循非濒危物种自然死亡遗骸等原则，森林王大明等角色会监督改造过程。玩家获取生态战舰主要通过特殊剧情任务、顶级副本掉落或科研解锁，需要收集魂兽基因样本、神级金属等材料。不同战舰的能源核心也各异，龙系战舰多采用龙晶驱动，而植物系战舰依赖生命之种供能。