少年三国志系列的核心剧情始终围绕三国历史主线展开，其中刘关张结义董卓之乱赤壁之战等经典桥段被反复演绎。这些剧情在不同版本中通过角色对话、关卡设计和动画演出等形式重现，成为连接游戏与历史的情感纽带。例如小程序版与官方版虽存在细节差异，但开篇刘关张与董卓争夺残卷的核心冲突始终保留，少年主角借助大雕救援的桥段也成为系列标志性开场。
王允离间计与貂蝉的塑造是另一处传承点。尽管史书未记载王允直接派遣貂蝉离间董吕，但游戏延续了三国演义的艺术加工，将虚构人物貂蝉融入剧情。第九章通过笏板等道具细节强化王允隐忍后自傲的性格，这种对经典文学角色的再创作成为系列特色。后续版本即使调整战斗机制，貂蝉与吕布的情感线仍作为群雄阵营的重要剧情支线存在。
徐州之战相关剧情展现了历史事件与游戏叙事的结合。张闿杀曹嵩触发曹操复仇、糜竺家族财力影响战局等情节在不同版本中均有体现，而太史慈救援北海的虚构内容则被保留为吴国武将的专属剧情。这种虚实交织的手法既维持历史框架，又为角色养成提供背景支撑。夏侯惇拔矢啖睛的壮举也通过十二章后的战斗动画代代延续。
献帝东迁与曹操挟天子以令诸侯的权谋戏码是后期剧情固定模块。从护送天子到许都的十四章，到献帝沦为傀儡的十六章，游戏通过守关人对话、切磋事件等互动设计强化历史宿命感。即便部分版本简化流程，曹操阵营奉天子以令不臣的核心战略始终作为魏国剧情线的逻辑基础。
青梅煮酒论英雄、吕布殒命白门楼等情节通过二十章后的关卡设计代代相传。貂蝉痴情守护吕布的虚构剧情，与历史记载的吕布性格形成戏剧性反差，这种角色塑造手法被沿用至最新版本。而关羽千里走单骑、张飞大闹长坂桥等符合三国演义描写的桥段，则成为蜀国角色技能设计的灵感来源，确保剧情与玩法的一致性。