副本作为帝王三国2的核心玩法之一，提供了多样化的奖励体系。通过挑战不同难度的副本，玩家可获得装备、名将、经验值及特殊道具等关键资源。普通难度副本主要产出基础装备和银币，精英难度开始掉落高品质装备并有概率获得紫色品质将领，而传说难度则是获取橙色名将的唯一途径。首次通关任意难度副本时，系统会发放多倍经验奖励，这是快速提升将领等级的重要方式。
装备奖励方面，副本掉落的装备品质与难度直接相关。普通副本主要提供绿色和蓝色装备，适合前期过渡；精英副本产出紫色装备，属性显著提升；传说副本则有概率掉落顶级橙色装备，附带特殊属性加成。组队模式下通关隐藏副本时，极品装备的爆率会进一步提升。通关整个章节后还可领取章节宝箱，内含对应阶段的成套装备，能有效解决角色成长过程中的装备断层问题。
名将系统与副本深度绑定，传说难度副本是俘虏名将的主要渠道。这些名将拥有更高的成长值和资质上限，部分稀有将领仅能通过特定副本获取。每次成功通关传说副本后，系统会随机触发名将俘虏事件，玩家需消耗特定道具完成招降。被俘虏的名将初始忠诚度较低，需要通过赠送礼物或完成专属任务来提升忠诚度，才能发挥其完整战力。
除固定经验值外，副本产出大量白银用于内政建设，扫荡副本可获得稳定的资源收益。军令作为副本挑战的必要消耗，每日会随时间自动恢复至60点上限，合理分配军令使用优先级是高效获取资源的关键。精英及以上难度副本额外掉落强化石和技能书，这些材料对装备强化和技能提升具有不可替代的作用。
建议优先完成主线任务解锁所有副本难度，集中军令挑战能产出当前阶段急需资源的副本。对于追求名将的玩家，需要针对性研究传说副本的阵容搭配与通关策略。副本进度与角色强度呈正相关关系，保持稳定的副本攻克节奏能显著提升整体实力发展效率。